В настоящее время собрание ГМИИ им. А.С. Пушкина насчитывает свыше 560 тысяч произведений живописи и скульптуры, графических работ, произведений прикладного искусства, памятников археологии и нумизматики, художественной фотографии. В рукописном фонде хранятся документы по истории музея, научное и эпистолярное наследие его основателя, других музейных деятелей, крупных искусствоведов и художников, архивы некоторых музеев, чьи коллекции поступили в ГМИИ.
В 1991 году ГМИИ внесен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В области популяризации истории искусств ГМИИ является инициатором различных форм работы с детьми. Музей издает научные сборники, каталоги собраний и выставок, путеводители, альбомы, серию брошюр "В помощь школе" на материалах экспозиции музея и др.
С 1981 года по инициативе и с участием С.Т.Рихтера Музей проводит международный музыкальный фестиваль "Декабрьские вечера". При Музее имеются научно-реставрационная мастерская и научная библиотека.